Auf der North American International Auto Show wurde im Januar 2004 ein durch die Modelle Ende der 1960er-Jahre inspiriertes neu gestyltes Modell im Retro-Design vorgestellt. Eine offizielle Version für Europa war nicht vorgesehen, allerdings wurde der Mustang von mehreren Importeuren in Europa angeboten.
Anders als die Vorgänger, wurde diese Generation nicht mehr von Ford, sondern von der AutoAlliance International in Flat Rock produziert. Der Mustang V basierte auf einer umfassend modifizierten DEW98-Plattform die bereits vom Lincoln LS, dem Jaguar S-Type und dem Ford Thunderbird (seit 2002) genutzt wurde. Die Änderungen an der Bodengruppe waren derart umfangreich, dass Ford ihr die Bezeichnung D2C gab. Die Verwindungssteifigkeit konnte laut Herstellerangaben im Vergleich zum Vorgänger verdoppelt werden.
Das Coupé kam bereits Ende 2004 in zwei Ausführungen auf den Markt, mit dem 157 kW (213 PS) starken Vierliter-V6-Motor und als GT-Modell mit einem 224 kW (305 PS) starken 4,6-Liter-V8-Motor. Die Kraftübertragung auf die Hinterräder erfolgte durch ein Fünfgang-Schaltgetriebe oder eine erstmals erhältliche Fünfstufen-Automatik. Seit der Vorstellung des Cabriolets im Sommer 2005 war auch das Coupé in vier Varianten erhältlich: V6 Deluxe, V6 Premium, GT Deluxe und GT Premium.
Der Shelby GT500 wurde offiziell auf der Detroit Motor Show im Januar 2006 vorgestellt. Der Shelby GT500 verfügte anfangs über einen 5,4-Liter-V8-Motor mit Kompressoraufladung, die Leistung betrug 368 kW (500 PS).
Ab dem Modelljahr 2006 war der Mustang GT Premium mit dem Sonderpaket „California Special“ (CS) lieferbar. Erstmals wurde dieses Modell auf der New York Auto Show präsentiert. Der vier Zentimeter tiefer liegende GT/CS verfügte über angedeutete Lufteinlässe („Side scoops“) an den Seiten und einen speziellen Frontstoßfänger mit vergrößertem Kühlergrill. Im Innenraum verbaute Ford zweifarbige Ledersitze. Erinnern sollte der Wagen an die Vorgänger aus den 1960er-Jahren.
Ford entwickelte und konstruierte von Anfang an ein Cabriolet zusätzlich zur Coupé-Ausführung. Das Ziel dabei war eine steifere Karosserie ohne viel Mehrgewicht für zusätzliche Verstrebungen und ein Minimum an störenden Luftverwirbelungen bei geöffnetem Verdeck. Auch das Cabriolet-Dach wurde weiterentwickelt. So verfügte das elektrisch zu öffnende Vinylverdeck erstmals über ein beheizbares Echtglas-Heckfenster und klappte sich in „Z-Form“ auf.
Ebenfalls neu aufgelegt wurde der Shelby GT/H. Eine spezielle Frontpartie kennzeichnete das auf 500 Exemplare limitierte Modell. Wie bereits die früheren Modelle, erhielt auch dieses Modell eine schwarze Lackierung mit goldenen Streifen (das „H“ im Namen steht für den Autovermieter Hertz). In beiden Modellgenerationen sollen die Streifen an die Siege in Le Mans erinnern. Ein kleines Rennsport-Accessoire stach sofort ins Auge: Schnellverschlüsse mit Splintsicherung zum schnelleren Öffnen der Motorhaube. Zusätzlich zu den optischen Extras verbaute Ford ein Sportfahrwerk und einen Motor mit 239 kW (325 PS). Nach Beendigung ihrer Nutzung als Mietwagen bei Hertz wurden die Fahrzeuge versteigert.
Der Mustang wurde erneut überarbeitet. Die Änderungen beschränkten sich primär auf eine geänderte Front- und Heckpartie. Grill und Motorhaube wurden ähnlich denen des Shelby GT500 (ab Mj. 2010) gestaltet. Zudem verfügte der Mustang nun serienmäßig über Bi-Xenon-Scheinwerfer und dreigeteilte LED–Rückleuchten. Die Änderungen kamen auch dem Boss 302 zugute, dessen Produktion nach Ablauf des Modelljahres eingestellt wurde. Weiterhin erhielt der V8-Motor des GT eine kleine Leistungssteigerung. Der Hubraum des Motors aus dem GT500 wurde vergrößert, was in Verbindung mit weiteren Modifikationen zu einer deutlichen Leistungssteigerung führte.